Palmiry to miejsce symboliczne. W czasie II wojny światowej w okolicznych lasach Niemcy przeprowadzili serię 21 masowych mordów, w których zginęło ponad 1700 mieszkańców Warszawy. Muzeum upamiętnia ofiary tych zbrodni, poświęcone jest także pozostałym działaniom wojennym na terenie Puszczy Kampinoskiej. Muzeum pokazuje także proces ekshumacji ofiar i powstawania pobliskiego cmentarza pomordowanych. W Muzeum – Miejscu Pamięci Palmiry organizowane są zajęcia historyczne dla uczniów szkół podstawowych i ponadgimnazjalnych.